Im Jahr 1638 errichteten zwei Jesuiten auf einem Hügel oberhalb der Stadt Ellwangen ein schlichtes Kreuz aus einem Tannenbäumchen. In eine Höhlung des Stammes stellten sie eine kleine, tönerne Marienfigur - unser heutiges Wallfahrtsbild. Im folgenden Jahr errichteten sie über dem Kreuz eine Loreto-Kapelle und luden die Menschen zum Gebet ein. Es war die Notzeit des 30jährigen Krieges. Aus der Anfangszeit dieser neuen Wallfahrtsstätte werden uns viele wunderbare Heilungen berichtet.

Im Jahr 1680 übernahm der Jesuit P. Philipp Jeningen die Wallfahrt auf dem Schönenberg, die inzwischen stark angewachsen war. Als die Stadt Ellwangen im Jahr 1681 von einer Feuersbrunst durch Blitzschlag bewahrt blieb - auf die Anrufung der Gottesmutter hin - ließ der Fürstprobst aus Dank eine prachtvolle Wallfahrtskirche erbauen. Baumeister waren die Gebrüder Tumb aus Vorarlberg. Die Kirche ist im Vorarlberger Münsterschema im Stil des Spätbarocks erbaut.

Wenige Jahre nach der Fertigstellung im Jahr 1695 zerstörte ein durch Blitzschlag ausgelöstes Feuer das Hauptschiff der Kirche, das sofort wieder aufgebaut wurde. Die Gnadenkapelle blieb beim Brand unversehrt. Im April 1945 wurde die Stadt Ellwangen und die Schönenbergkirche vor einem alliierten Fliegerangriff durch ein heftiges Gewitter vor der Zerstörung bewahrt. Man führt diese Errettung auf das inständige Gebet der Ellwanger Bürgerschaft zu Maria zurück.

Seit 1919 betreuen Patres des Redemptoristenordens die Wallfahrt und die Pfarrei auf dem Schönenberg.